Phòng Phân tích thí nghiệm (Liên đoàn Quy hoạch và Điều tra tài nguyên nước miền Bắc), Trung tâm Phân tích Thí nghiệm (Liên đoàn Quy hoạch và Điều tra tài nguyên nước miền Nam) có khả năng phân tích các loại mẫu đất, đá, mẫu nước bao gồm: phân tích thành phần hóa học các mẫu đơn chất, vi lượng, ô nhiễm đất và hóa chất; xác định tính chất vật lý cơ học của đất, sét và vật liệu xây dựng. Việc phân tích được thực hiện trên các thiết bị hiện đại và theo các tiêu chuẩn do khách hàng lựa chọn.