Vùng biển Phú Quốc có 22 hòn đảo lớn nhỏ, trong đó đảo Phú Quốc lớn nhất có diện tích 574 km² (56.200 ha), dài 50 km, nơi rộng nhất (ở phía bắc đảo) 25 km. Điểm cao nhất tới 603 m (núi Chúa). Địa hình thiên nhiên thoai thoải chạy từ nam đến bắc với 99 ngọn núi đồi. Phần các vùng biển quanh đảo nông có độ sâu chưa đến 10 m. Tuy nhiên, cụm đảo nhỏ của cảng An Thới bị ngăn cách hẳn với phần mũi phía nam của đảo Phú Quốc bởi một eo biển có độ sâu tới hơn 60 m.
