Lưu vực sông Cửu Long có vị trí rất quan trọng trong phát triển kinh tế-xã hội của cả nước. Tuy nằm ở hạ lưu châu thổ sông Mekong, thừa hưởng nhiều thuận lợi từ vị trí địa lý, nguồn nước phong phú, đất đai bằng phẳng, màu mỡ và được phù sa bồi đắp hàng năm, thủy sản dồi dào với nhiều giống loài, bờ biển và vùng biển rộng lớn với nhiều tài nguyên…, song lưu vực sông Cửu Long cũng luôn đối mặt với không ít khó khăn và hạn chế trong điều kiện tự nhiên, với những tác động không nhỏ và khôn lường từ các hoạt động ở thượng lưu, và hơn cả là với các mâu thuẫn giữa tăng trưởng kinh tế và bảo vệ môi trường ngay chính đồng bằng này.
Tuy lưu vực sông Cửu Long có nguồn nước phong phú nhưng do là sông Quốc tế, có đến 95% tổng lượng nước phụ thuộc vào các nước thượng lưu. Tổng lượng nước mặt trung bình nhiều năm tính đến biên giới Việt Nam-Campuchia vào khoảng 475 tỷ m3 (kể cả lượng sinh ra trên lãnh thổ Trung Quốc chiếm khoảng gần 16%), song nguồn nước mặt trên lưu vực lại được đánh giá là dễ bị tổn thương trước những thay đổi phía thượng lưu, cả do biến đổi khí hậu và các phát triển. Tuy đã có các kế hoạch phát triển chung của hạ lưu vực Mekong, nhưng các phát triển ở Vân Nam, Trung Quốc vẫn luôn là “ẩn số” đối với hạ lưu, khi hệ thống thủy điện dòng chính đã, đang và sẽ được xây dựng trong tương lai, cả ngắn, trung và dài hạn. Bên cạnh đó, các kế hoạch phát triển thủy điện dòng chính, dòng nhánh, sử dụng nước và chuyển nước của các nước hạ lưu vực trong Ủy hội sông Mekong cũng ẩn chứa nhiều rủi ro khó lường, có thể không chỉ tác dộng đến số lượng mà cả chất lượng nước xuống lưu vực sông Cửu Long.
Trên dòng chính sông Mekong, tính đến năm 2015, phía Trung Quốc đã xây dựng 6 thủy điện với tổng công suất 14.850 MW; Trên dòng nhánh, cả 4 nước Lào, Thái Lan, Việt Nam và Căm Pu Chia cũng đã xây dựng 35 thủy điện với tổng công suất 4.950 MW. Khả năng trữ nước của hệ thống thuỷ điện hiện nay trên lưu vực Mekong với 6 hồ chứa ở Trung Quốc có tổng dung tích 23,1 tỷ m3 và 40 hồ chứa trên dòng nhánh ở 4 nước hạ lưu có tổng dung tích 31 tỷ m3. Đến 2030, với việc xây dựng thêm 60 hồ chứa trên các sông nhánh sẽ trữ thêm 17 tỷ m3, cùng với 11 đập trên dòng chính hạ lưu Mekong trữ 2,5 tỷ m3. Tổng dung tích của tất cả các hồ chứa thuỷ điện trong lưu vực Mekong chiếm đến 16,0% lượng dòng chảy. Tổng nhu cầu nước cho nông nghiệp và dân sinh của 4 nước hạ lưu Mekong năm 2010 là 20,6 tỷ m3, sẽ lên 28,2 tỷ m3 vào năm 2020 (tăng 31%), 39,6 tỷ m3 vào năm 2030 (tăng 84%) và 45,9 tỷ m3 vào năm 2050 (tăng 114%). Trong trường hợp sử dụng ở mức rất cao, vào năm 2050, con số này sẽ lên tới 53,7 tỷ m3 (tăng đến 150%). Ngoài ra, Thái Lan cũng dự kiến chuyển nước từ sông Mekong sang 2 vùng khó khăn về nguồn nước là đồng bằng trung tâm và Đông-Bắc, với lưu lượng từ 320-450 m3/s.
Đặc biệt, cách biên giới Việt Nam khoảng 120 km, sông Tonle Sap và vùng Biển Hồ của Campuchia có ảnh hưởng trực tiếp đến vùng hạ lưu sông Mekong nói chung và sông Tiền, sông Hậu của lưu vực sông Cửu Long nói riêng. Trong mùa khô, lượng nước của Tonle Sap có thể chiếm tới 40% tổng lượng nước về hạ lưu, vì vậy có vai trò điều phối nước rất lớn đối với lưu vực sông Cửu Long.
Với hệ thống hạ lưu sông Mekong ở Việt Nam là hai nhánh sông Tiền và sông Hậu có tổng lượng nước sông Cửu Long là 475 tỷ mét khối. Trong đó, lượng nước chảy qua 2 sông chính, sông Tiền sông Hậu, và vùng kẹp giữa 2 sông chiếm số lượng chủ yếu với tỷ lệ 91%, qua vùng Đồng Tháp Mười 7% và Long Xuyên 2%. Trong mùa lũ, lượng nước lũ chủ yếu vào Việt Nam theo 2 sông chính chiếm đến 90% và thoát ra biển Đông, tuy nhiên một lượng lũ tràn qua biên giới vào Đồng Tháp Mười (8%) và Long Xuyên (2%) lại là nguyên nhân chủ yếu gây lũ lụt cho lưu vực sông Cửu Long, và mùa lũ năm 2000 là một ví dụ điển hình. Trong mùa kiệt, lượng nước về Long Xuyên qua biên giới Việt Nam – Campuchia nhìn chung là rất nhỏ, vì thế nước dùng để đẩy mặn chủ yếu lấy từ các kênh nối với sông Hậu nằm sâu trong lãnh thổ Việt Nam. Do lượng nước giảm nhiều, làm cho thuỷ triều lấn sâu vào đồng bằng làm vùng đất ven biển bị nhiễm mặn nghiêm trọng.
Hiện nay, quá trình công nghiệp hóa, khai thác năng lượng dòng chảy và mở rộng diện tích tưới cho nông nghiệp phía thượng nguồn của các quốc gia thượng nguồn đang gây khó khăn và các tác động bất lợi cho Việt Nam. Các đập thủy điện đã và dự kiến xây dựng ở các quốc gia thượng nguồn đã và đang làm quy luật dòng chảy trên sông Mekong bị thay đổi và thiếu hụt trầm trọng cả về số lượng và chất lượng, đặc biệt trong mùa cạn.
Khai thác sử dụng phía thượng lưu đã và đang gây ra những tác động bất lợi đến lưu vực sông Cửu Long, đó là:
– Làm biến đổi dòng chảy mùa lũ, tăng lũ trung bình và lũ nhỏ, thậm chí cực nhỏ, giảm lũ lớn;
– Gây biến động khó lường đối với dòng chảy mùa kiệt, đặc biệt trong những năm có lượng mưa năm thiếu hụt và lũ nhỏ;
– Giảm lượng phù sa xuống lưu vực sông Cửu Long lên đến 60% từ nay đến 2060, khi hoàn thành toàn bộ hệ thống thủy điện;
– Suy giảm nguồn lợi thủy sản tự nhiên xuống lưu vực sông Cửu Long, trong đó có các loài cá di cư quý hiếm;
– Suy giảm tính đa dạng sinh học trên lưu vực sông Cửu Long do giảm diện tích đất ngập nước, giảm khả năng trữ lũ cho các vùng ngập lũ;
– Giảm khả năng bổ sung nước dưới dưới đất do nước lũ thấp, thời gian lũ ngắn;
– Kết hợp với NBD làm tăng nguy cơ xâm nhập mặn sâu và thiếu nước mùa khô;
– Gia tăng xói lở bờ sông, bờ biển do thiếu hụt phù sa và thay đổi dòng chảy từ điều tiết hồ chứa;
– Suy giảm chất lượng nước xuống lưu vực sông Cửu Long do gia tăng các hoạt động kinh tế-xã hội;
– Gia tăng các vấn đề xuyên biên giới.
