Phần thượng lưu của lưu vực sông Bằng Giang nguồn thải đổ vào chủ yếu là nước thải sinh hoạt, cùng với khả năng tự làm sạch của sông này rất tốt. Do vậy, chất lượng nước ở đây đạt tiêu chuẩn loại A2 – QCVN08-MT:2015/BTNMT, như vậy, tại thượng lưu chất lượng tốt, đảm bảo cho khai thác, sử dụng phục vụ sinh hoạt sau khi qua xử lý..
Ở huyện Hà Quảng, ngoài nước thải sinh hoạt, không có các xả thải nước thải của các hoạt động công nghiệp và khai khoáng, nước suối Lê Nin có khả năng tự làm sạch rất tốt. Do vậy, nước của suối này đạt tiêu chuẩn A2, có thể sử dụng cho sinh hoạt nhưng phải qua xử lý. Như vậy, tại suối Lê Nin có thể cung cấp nước với chất lượng tốt cho sông Bằng Giang.
Tại huyện Nguyên Bình, ngoài nguồn xả thải sinh hoạt tại thị trấn Tĩnh Túc và thị trấn Nguyên Bình vào sông Nguyên Bình, còn có nguồn xả thải rất lớn của khai trường mỏ thiếc Tĩnh Túc, nguồn xả thải nước thải xưởng luyện thiếc, luyện gang thép với lưu lượng thải 25000m3/năm. Ngoài ra, còn có hàng chục các tụ điểm khai thác vàng sa khoáng, sỏi cát xây dựng và các điểm mỏ quặng đang khai thác trái phép đã làm ô nhiễm nghiêm trọng nước sông Nguyên Bình nhất là các yếu tố BOD, COD, TSS, Mn, dầu mỡ, dẫn tới nước không đủ tiêu chuẩn loại B1 để cung cấp cho mục đích tưới tiêu. Sông Nguyên Bình bị ô nhiễm với độ đục cao suốt chiều dài 40 km. Sau khi hợp lưu với hai suối khác, độ đục bắt đầu giảm dần.
Trung lưu sông Bằng Giang chảy trong địa phận huyện Hoà An. Trong đoạn sông này, ngoài các nguồn thải sinh hoạt và bệnh viện của thị trấn Nước Hai, TP Cao Bằng còn có các nguồn thải của các khu vực khai thác và tuyển quặng (mỏ sắt Ngườm Tráng đang khai thác và tuyển luyện), các nhà máy gang thép, xi măng, luyện gang và nhà máy bia…với tình hình xả thải rất đa dạng, lưu lượng nước thải lớn và không được xử lý, đã làm cho đoạn sông Bằng chảy qua huyện Hoà An, nhất là đoạn chảy qua thành phố Cao Bằng ô nhiễm coliform, dầu mỡ, vượt quá tiêu chuẩn B1 của QCVN 08-MT:2015/BTNMT.
Hạ lưu của lưu vực sông Bằng thuộc địa phận huyện Phục Hoà, và suối nhánh trong địa phận các huyện. Sau khi chảy qua huyện Hòa An do ít tác động bởi các nguồn thải cùng với địa hình khá phân cắt của các lưu vực, nên chất lượng nước sông Bằng Giang được cải thiện và đạt loại A2 của QCVN 08-MT:2015/BTNMT.
Nhìn chung, chất lượng nước trên lưu vực sông Bằng Giang có khác nhau giữa các khu vực. Dấu hiệu ô nhiễm mang tính chất cục bộ chủ yếu tập trung ở những khu vực đông dân cư, các cơ sở sản xuất và khai thác khoáng sản.
Sông Kỳ Cùng
Thượng lưu sông Kỳ Cùng bắt nguồn từ huyện Đình Lập và chảy qua huyện Lộc Bình. Tại huyện Đình Lập dân cư thưa thớt, hoạt động chủ yếu là nông nghiệp trồng lúa nước, không có các hoạt động công nghiệp và khai thác khoáng sản. Nguồn thải đổ vào sông Kỳ Cùng và các sông nhánh chủ yếu là nước thải sinh hoạt của các cụm dân cư, như ở các xã Bắc Xa, Kiên Mộc, Bình Xá. Hơn nữa, do địa hình phân cắt, khả năng trung hòa chất ô nhiễm còn rất tốt. Nước đạt tiêu chuẩn loại A2, nên có thể sử dụng cho sinh hoạt, nhưng phải qua xử lý. Khi chảy qua huyện Lộc Bình, do tác động của các nguồn thải sinh hoạt từ thị trấn Na Dương, thị trấn Lộc Bình và các nguồn thải từ mỏ than Na Dương, Nhà máy nhiệt điện Na Dương và một số các hoạt động khai thác khoáng sản cát sỏi giữa lòng sông đã làm cho chất lượng nước sông Kỳ Cùng bắt đầu bị suy giảm và chỉ đạt QCVN08-MT:2015/BTNMT loại B1.
Trung lưu sông Kỳ Cùng chảy qua các huyện Cao Lộc, thành phố Lạng Sơn, một phần huyện Chi Lăng, Văn Quan và Văn Lãng. Do tác động của các nguồn xả thải sản xuất, nhất là chế biến khoáng sản, khai thác cát sỏi giữa lòng sông (hạ lưu cầu Mai Pha), nguồn thải sinh hoạt và nguồn thải y tế, nên chất lượng nước ở đoạn sông chảy qua thành phố Lạng Sơn bị suy giảm và chỉ đạt loại B1. Khi sông Kỳ Cùng chảy qua thành phố Lạng Sơn đến thị trấn Văn Lãng, do ít nguồn thải tác động chất lượng nước sông bắt đầu được cải thiện và đạt tiêu chuẩn loại A2, có thể sử dụng cho sinh hoạt nhưng phải qua xử lý.
Hạ lưu sông Kỳ Cùng chảy qua địa phận hai huyện Bình Gia và Tràng Định. Khi sông Kỳ Cùng chảy vào huyện Văn Lãng, chất lượng nước bắt đầu được cải thiện; tuy nhiên, vẫn còn bị ô nhiễm coliform. Do các nguồn xả thải đã giảm về số lượng, các nhà máy xí nghiệp thưa dần, nên đoạn sông qua huyện Văn Lãng được coi bị ô nhiễm nhẹ, nhưng cũng chỉ đạt loại B1.
Sông Hiến
Trên sông Hiến, diễn biến độ đục tăng rất nhanh theo chiều dài dòng chảy. Trong tháng 4, đầu nguồn sông Hiến, độ đục vượt tiêu chuẩn A2. Và độ đục giảm dần cho đến điểm bắt đầu vào TP Cao Bằng.
Hàm lượng sắt trong nước sông Hiến khá cao, hàm lượng sắt trung bình tháng đã vượt quá giới hạn B1. Nhưng vào mùa khô, hàm lượng sắt lại đột ngột hạ xuống rất thấp, thậm chí thấp hơn cả giới hạn của tiêu chuẩn A1.
Trong tất cả các thông số kim loại, hàm lượng sắt trong nước sông luôn luôn cao nhất, diễn biến phức tạp nhất, và ở một số đoạn sông giá trị này cao vượt tiêu chuẩn B1. Nguyên nhân của hiện trạng này là do những hoạt động khai thác khoáng sản (quặng sắt) của các cơ sở sản xuất công nghiệp trên bờ sông và các điểm khai thác cát sỏi bừa bãi dưới lòng sông.
Sông Minh Khai
Trên sông Minh Khai, diễn biến độ đục tăng rất nhanh theo chiều dài dòng chảy. Trong mùa mưa, độ dục trên sông Minh Khai tăng cao, nhiều vị trí độ đục vượt tiêu chuẩn B1. Tuy nhiên, vào mua khô độ đục giảm dần, nhiều vị trí độ đục còn có tiêu chuẩn thấp hơn so với tiêu chuẩn A1.
Trong tất cả các thông số kim loại, hàm lượng sắt trong nước sông luôn luôn cao nhất, diễn biến phức tạp nhất, và ở một số đoạn sông giá trị này cao vượt tiêu chuẩn B1. Nguyên nhân của hiện trạng này là do những hoạt động khai thác vàng dọc hai bên bờ sông và các điểm khai thác cát sỏi bừa bãi dưới lòng sông.
Sông Bắc Giang
Trên sông Bắc Giang, diễn biến độ đục vào mùa mưa và mùa khô khá đều nằm trong tiêu chuẩn A2.
Hàm lượng sắt vào mùa mưa và mùa khô trên sông Bắc Giang cũng rất tốt, đều nằm trong tiêu chuẩn A1, A2.
Sông Bắc Khê
Trên sông Bắc Khê, diễn biến độ đục vào mùa mưa và mùa khô khá đều nằm trong tiêu chuẩn A2.
Hàm lượng sắt trong nước sông Bắc Khê khá cao, hàm lượng sắt trung bình tháng đã vượt quá giới hạn B1. Nhưng vào mùa khô, hàm lượng sắt lại đột ngột hạ xuống rất thấp, thậm chí thấp hơn cả giới hạn của tiêu chuẩn A1.
Nhìn chung, chất lượng nước trên lưu vực sông Bằng Giang – Kỳ Cùng có khác nhau giữa các khu vực. Dấu hiệu ô nhiễm mang tính chất cục bộ chủ yếu tập trung ở những khu vực đông dân cư, các cơ sở sản xuất và khai thác khoáng sản. Hàm lượng sắt trong lưu vực là khá cao.
