Vùng kinh tế trọng điểm miền Trung, bao gồm 5 tỉnh, thành phố là Thừa Thiên Huế, Đà Nẵng, Quảng Nam, Quảng Ngãi và Bình Định có diện tích tự nhiên 27.960 km2, chiếm 8,47% diện tích cả nước, với dân số tính đến năm 2019 là 6.487.800 người chiếm 6,72% dân số cả nước (96.484.000 người).
Chất lượng nguồn nước mặt trên vùng dự án nhìn chung chưa bị ô nhiễm nghiêm trọng, các sông bị ô nhiễm nhẹ chủ yếu là ô nhiễm hữu cơ vi sinh vật (Coliform), chất hữu cơ (NH4+ ) như ở cửa sông Vu Gia (TP.Đà Nẵng) và cửa sông Kôn (TP. Quy Nhơn), Các sông ở Quảng Ngãi có hiện tượng ô nhiễm dầu do hoạt động tàu thuyển. Chất lượng các nguồn nước cụ thể ở các tỉnh như sau:
Tỉnh Thừa Thiên Huế:
Chất lượng nước sông ở khu vực thượng nguồn còn tốt, hàm lượng chất hữu cơ và mật độ vi khuẩn cao tại các điểm có nguồn thải, hàm lượng CL- tại vùng cửa sông tăng cao vào mùa kiệt do nhiễm mặn. Kết quả quan trắc chất lượng nước tại Trạm Quốc gia quan trắc môi trường nước tự động, cố định trên sông Hương (phường Phú Hậu, thành phố Huế, tỉnh Thừa Thiên Huế) trong năm 2017 như sau: Chất lượng nước sông Tả Trạch và Hữu Trạch về đến ngã ba Tuần nhìn chung chất lượng còn tốt đáp ứng cho các mục đích sử dụng khác nhau. Tuy nhiên ở một vài đoạn sông còn ô nhiễm chỉ tiêu vi sinh và kim loại nặng.
Nước sông thuộc huyện Phú Lộc: Tình trạng ô nhiễm môi trường nước sông Phú Lộc đã xảy ra thường xuyên trong nhiều năm, nhất là đoạn gần cửa sông Phú Lộc.
Thành phố Đà Nẵng:
Tại thượng nguồn sông Vu Gia còn khá tốt, chưa bị ô nhiễm nhưng đoạn sông từ cầu Đỏ đến cửa sông Hàn đã bị ô nhiễm. Các chất ô nhiễm nước sông bao gồm: Vi sinh vật (Coliform), chất hữu cơ (NH4+ ) và hóa chất độc hại (dầu mỡ). Sông Cu Đê nằm về phía Bắc thành phố, nước sông Cu Đê được sử dụng chủ yếu cho mục đích nông nghiệp và nuôi trồng thủy sản. Chất lượng nước tại thượng nguồn khá tốt nhưng ở hạ lưu (đoạn từ cửa sông đến đoạn cách cửa sông 500 m về phía thượng nguồn) thường xuyên bị ô nhiễm. các chất ô nhiễm chủ yếu: chất hữu cơ (BOD5, COD), hóa chất độc hại (dầu mỡ, phenol) và kim loại nặng.
Tỉnh Quảng Nam:
Qua kết quả quan trắc trên địa bàn tỉnh năm 2017 cho thấy đặc điểm về hiện trạng chất lượng môi trường như sau: Chất lượng nguồn nước trên hệ thống sông Vu Gia – Thu Bồn khá ổn định trong ba năm gần đây, chất lượng dần được cải thiện. Một số đợt có biểu hiện ô nhiễm TSS, Fe trên sông chính chủ yếu do yếu tố tự nhiên, bên cạnh đó nhánh Vu Gia còn chịu tác động bởi yếu tố con người; ô nhiễm trên sông Bồng Miêu chủ yếu do yếu tố con người;…Chất lượng ở các hồ đạt yêu cầu chất lượng nguồn cấp nước sinh hoạt, với tất cả các thông số về mặt hóa lý, vi sinh, kim loại, chất hữu cơ, chất dinh dưỡng, dầu mỡ và hóa chất độc hại trong nước đều nằm mức cho phép.
Nước biển ven bờ tại 6 khu vực bãi tắm đạt yêu cầu chất lượng, phần lớn các thông số gồm PH, TSS, dầu mỡ, đều nằm trong giới hạn cho phép. Môi trường không khí xung quanh tại các nút giao thông trên Quốc lộ 1A không bị ô nhiễm bụi và các khí độc nhưng đã biểu hiện ô nhiễm tiếng ồn. Chất lượng môi trường đất nông nghiệp ở 4 cánh đồng ở các địa phương Đại Lộc, Điện Bàn, Hội An và Duy Xuyên đều đạt mức cho phép, với hàm lượng các kim loại trong đất đều nằm trong giới hạn. Trầm tích ở 2 vị trí cuối nguồn của hai hệ thống sông chính là Vu Gia – Thu Bồn và Tam Kỳ đều có hàm lượng các kim loại nằm trong giới hạn cho phép của QCVN 43:2012/BTNMT.
Tỉnh Quảng Ngãi:
Chất lượng nước sông Trà Khúc: cho thấy về mùa mưa mặc dầu hàm lượng cặn lơ lửng hay độ đục cao hơn mùa cạn nhưng các giá trị ô nhiễm đều nằm ở mức rất thấp không có giá trị nào vượt quá giới hạn. Về mùa kiệt, đoạn từ nhà máy đường về đến bến Tam Thương nhìn chung chất lượng nước kém. Về mức độ ô nhiễm kim loại nặng ở mức thấp chưa có ảnh hưởng đáng kể đến sức khỏe cộng đồng và sự sống của các thủy sinh. Từ trạm bơm số 4 đến cửa Cổ Lũy chất lượng nước được tự làm sạch dần, do đó các chỉ tiêu phân tích đều thấp hơn giới hạn nước mặt loại B1-QCVN 08: 2008/BTNMT.
Sông Trà Bồng: chất lượng nước sông Trà Bồng đang có xu hướng ngày càng xấu đi. Đặc biệt nước sông đã bị ô nhiễm dầu (do hoạt động của tàu thuyền). Tuy nhiên, đánh giá về hàm lượng của các chất hữu cơ có khả năng phân hủy sinh học thì sự ô nhiễm ở mức nhẹ. Do đó cần có biện pháp quản lý chặt hơn trong những năm sắp tới trước khi nước sông bị ô nhiễm nặng.
Tỉnh Bình Định:
Theo báo cáo hiện trạng môi trường tỉnh Bình Định kết hợp với việc điều tra, khảo sát nắm tình hình thực tế chất lượng nước sông ở Bình Định như sau: nước mặt tại nhiều khu vực có hàm lượng BOD tăng, DO giảm, đặc biệt là các chỉ tiêu vi sinh tại các vị trí, nơi đoạn sông chảy qua khu vực tập trung dân cư, nhà máy sản xuất đều cho giá trị cao hơn quy chuẩn dùng nước sinh hoạt. Các điểm quan trắc cho kết quả có dấu hiệu bị ô nhiễm tập trung ở các ao, hồ, đầm của thành phố Quy Nhơn như Bàu Sen, Bàu Lác và các nhánh sông nằm gần các khu dân cư như sông Lại Giang tại cầu Thiện Chánh (Bồng Sơn), sông La Tinh tại cầu Vạn Thiện (Phù Mỹ), sông Kone cầu An Kiều, cầu Đập Đá, cầu Bà Di (An Nhơn) với chỉ tiêu ô nhiễm chính là BOD5, COD. Ngoài ra, đối với chỉ tiêu vi sinh (Colifrom) có 40% số mẫu vượt quá quy chuẩn quy định. Như vậy, môi trường nước mặt của tỉnh đang chịu ảnh hưởng rất lớn bởi tác nhân chính là nước thải sinh hoạt không được xử lý đảm bảo và các tác nhân hữu cơ khác.
Như vậy, nước ngầm khu vực ven biển của dự án có hiện tượng nước mặn xâm thực nhưng chưa đến mức nghiêm trọng và bắt đầu có dấu hiệu ô nhiễm. Tình trạng ô nhiễm nguồn nước ngầm do khai thác sử dụng không hợp lý và do các hoạt động kinh tế xã hội không được kiểm soát chặt chẽ cũng đã diễn ra ở một số nơi. Bãi rác trong khu vực không được thiết kế theo tiêu chuẩn hợp vệ sinh gây ảnh hưởng đến nước ngầm và nước sinh hoạt trong khu vực.