Cùng với diễn biến phức tạp của nguồn nước, tác động của biến đổi khí hậu và khai thác, sử dụng nước của các quốc gia nằm trên thượng nguồn lưu vực sông làm cho lượng nước mùa khô ngày càng có xu thế suy giảm.
Ngoài ra, nhu cầu nước phục vụ cho phát triển kinh tế – xã hội ngày càng tăng (do sự gia tăng dân số, quá trình đô thị hóa, sản xuất công nghiệp, phát triển thủy điện ngày càng nhanh), các vấn đề tài nguyên nước trên lưu vực sông Hồng – Thái Bình ngày càng diễn biến phức tạp, cụ thể:
- Lưu vực sông Hồng – Thái Bình có gần 50% diện tích ngoài lãnh thổ Việt Nam. Việc khai thác, sử dụng tài nguyên nước ở phần thượng nguồn lưu vực sông sẽ gây ảnh hưởng không nhỏ tới chế độ nguồn nước lưu vực sông Hồng – Thái Bình. Bên cạnh đó, những tác động do biến đổi khí hậu toàn cầu đến chế độ khí hậu của lưu vực sông Hồng – Thái Bình cũng gây ra những thách thức về tính chủ động trong các phương án khai thác, sử dụng và điều hòa nguồn nước trên lưu vực sông Hồng – Thái Bình.
- Tình trạng thiếu nước trong mùa khô liên tục xảy ra ở vùng hạ du. Đặc biệt là trong những năm gần đây, mực nước tại một số vị trí quan trắc ở hạ du đã có thời điểm xuống tới mức thấp nhất trong lịch sử. Cạnh tranh trong sử dụng nước giữa các ngành, đặc biệt là giữa phát điện và sản xuất nông nghiệp trong mùa khô ngày càng tăng. Áp lực về dân số cộng với các mục tiêu tăng trưởng và những thay đổi mạnh về cơ cấu kinh tế, gia tăng phát triển các ngành công nghiệp – dịch vụ, sự hình thành các trung tâm dân cư, quá trình đô thị hóa diễn ra nhanh chóng ở lưu vực sông Hồng – Thái Bình sẽ làm thay đổi mạnh mẽ cơ cấu trong nhu cầu khai thác, sử dụng nước, kể cả về chất lượng và số lượng. Nếu không phân bổ nguồn nước hợp lý, bảo đảm hài hòa lợi ích giữa các vùng, các tiểu lưu vực và các ngành dùng nước trên lưu vực sông thì việc khai thác, sử dụng nguồn nước sông Hồng – Thái Bình sẽ không bảo đảm hiệu quả tổng hợp về kinh tế – xã hội và môi trường.
- Ô nhiễm nguồn nước dẫn đến chất lượng nước không bảo đảm các mục đích sử dụng nước làm cho nguồn nước có khả năng sử dụng bị khan hiếm, sự cạnh tranh trong dùng nước càng tăng cao. Để phòng, chống ô nhiễm, suy thoái nguồn nước, cải thiện chất lượng nước, góp phần giảm nhẹ khan hiếm nước, phải tiến hành các biện pháp bảo vệ tài nguyên nước và các hệ sinh thái thủy sinh và các biện pháp giải quyết đồng bộ trên phạm vi toàn lưu vực.
- Ảnh hưởng của các hồ chứa ở thượng lưu tác động đến bồi xói lòng, bỡ bãi sông, bồi xói cửa sông và xâm nhập mặn vùng cửa sông.
Hiện nay, trên lưu vực sông Hồng – Thái Bình hầu hết đã có quy hoạch của các ngành khai thác, sử dụng nước như thủy lợi, thủy điện, nuôi trồng thủy sản, cấp nước sinh hoạt đô thị và nông thôn. Tuy nhiên, các quy hoạch này nhìn chung mới chỉ tập trung đáp ứng nhu cầu khai thác, sử dụng nước của từng ngành mà chưa xem xét đánh giá tổng thể, toàn diện tiềm năng nguồn nước, nhu cầu sử dụng nước của các ngành khác cũng như nhu cầu bảo đảm dòng chảy tối thiểu và duy trì hệ sinh thái thủy sinh.
Việc lập, tổ chức thực hiện quy hoạch của các ngành có hoạt động khai thác, sử dụng nước trên lưu vực sông đang được diễn ra đơn lẻ, thiếu tính tổng hợp, đa mục tiêu đã gây nên tình trạng mâu thuẫn giữa các đối tượng sử dụng nước. Ngoài ra, gần đây có một số đề xuất xây dựng các công trình trên sông Hồng trong khi chưa có quy hoạch tổng hợp lưu vực sông Hồng – Thái Bình trên bình diện toàn lưu vực nên chưa đủ căn cứ, cơ sở để xem xét các đề xuất này. Cho nên, để hạn chế, giải quyết các vấn đề nêu trên, thì cần có một quy hoạch mang tính tổng hợp, toàn diện, đa ngành, đa lĩnh vực.
