Nước, mặc dù là nguồn tài nguyên quý giá và cần thiết cho sự tồn tại của mọi sinh vật, nhưng cũng có thể gây ra nhiều tác hại đáng lo ngại. Lưu vực sông Hồng – Thái Bình đối mặt với nhiều vấn đề như:
Xâm nhập mặn vùng cửa sông
Lưu lượng về hạ du giảm, mực nước sông Hồng xuống thấp và nước biển dâng cao kết hợp triều cường dẫn đến xâm nhập mặn ngày càng phức tạp. Kết quả quan trắc, đánh giá số liệu đo độ mặn cho thấy: vào mùa kiệt nước phục vụ cho sản xuất nông nghiệp và thủy sản ở Hải Phòng, Thái Bình, Nam Định và Ninh Bình có độ mặn vượt quá nồng độ cho phép đã làm giảm năng suất cây trồng:
Các phân lưu hạ lưu sông Thái Bình bị xâm nhập mặn sâu nhất, từ 6 đến 27 km, vớ độ mặn 1‰ và 4‰. Độ sâu xâm nhập mặn lớn nhất với độ mặn 1‰ trên sông Thái Bình là 12 – 40 km (tùy thuộc vào từng phân lưu) trên sông Ninh Cơ là 32 km, trên sông Trà Lý là 20 km, trê sông Đáy là 20 km và trên sông Hồng là 14 km.
Năm 2011, độ mặn đo được tại cống Bình Hải ngày 18/1/2011 là 14‰. Số giờ lấy nước trong thời gian đổ ải của cống Quỹ Nhất trong tháng 1/2010 là 20,5 giờ, của cống Bình Hải là 69 giờ và của cống Âm Sa là 65 giờ. Vụ chiêm xuân 2010 ở các cửa sông Đáy có độ mặn cao thâm nhập sâu vào đất liền.
Trên sông Ninh Cơ tại Lạc Quần cách cửa sông 40 km, độ mặn trung bình thuỷ trực đạt 2,23‰, độ mặn trung bình max thuỷ trực đạt 5,80‰ lúc 23h/22/III/2010 khi đỉnh triều đạt cao nhất.
Bản đồ các vấn đề lưu vực sông Hồng – Thái Bình
Sạt, lở do khai thác cát, sỏi và các khoáng sản khác Theo điều tra của Sở TN&MT Hà Nội, hiện trên các tuyến sông Đà, sông Hồng, sông Đuống, sông Cà Lồ, sông Cầu đoạn qua thành phố Hà Nội có 18 khu vực khai thác cát, trong đó có tới 13 khu vực không phép, sai phép. Hoạt động này đã gây lãng phí nguồn tài nguyên và làm thay đổi dòng chảy, xói lở bờ sông, ảnh hưởng nghiêm trọng đến đất đai…
Tình trạng khai thác cát tự phát diễn ra ở nhiều nơi. Ở Hải Dương, nhu cầu san lấp mặt bằng để phát triển các khu công nghiệp, khu đô thị mới, đòi hỏi từ 3,5 đến 4 triệu m3 cát. Phần lớn số lượng cát này được khai thác tự do từ sông Thái Bình và sông Kinh Thầy. Tình trạng khai thác cát trái phép cũng diễn ra ở dọc tuyến sông Cầu, gây ra sạt lở bờ vào sát chân đê ở khu vực xã Việt Thống, huyện Quế Võ. Trên sông Đuống, khu vực gần cầu Phù Đổng, hàng ngày hàng trăm m3 cát cũng được lấy từ lòng sông.
Tại sông Cà Lồ, có 17 đoạn sạt lở, tổng chiều dài sạt lở lên đến gần 8 km, có những đoạn sạt lở kéo dài khoảng 1 km (như tại xã Thanh Xuân – Sóc Sơn và xã Xuân Nộn – Đông Anh). Độ rộng đoạn sạt lở nhỏ, dưới 1m nên chưa có ảnh hưởng tới nhà dân và diện tích đất nông nghiệp. Nguyên nhân chủ yếu gây ra hiện tượng này là dòng sông uốn khúc, thay đổi mạnh và liên tục về hướng dòng chảy.
Sông Thái Bình có lượng phù sa nhiều, cấu tạo hai bờ sông chủ yếu là cát sét pha màu nâu gắn kết yếu. Do bờ sông kéo dài chưa có kè kiên cố xảy ra 14 đoạn sạt lở. Khi chảy qua tỉnh Hải Dương địa phận xã Cẩm Văn, Đức Chính – huyện Cẩm Giàng; xã Ngọc Sơn, Tứ Xuyên – Tứ Kỳ – Hải Dương. Sạt lở chủ yếu xảy ra bên bờ phải sông kéo dài từ 300 m cho đến 600 m. Tại Hà Nội khi sông qua huyện Sóc Sơn xảy ra sạt lở ở các xã Trung Giã, Tân Hưng, Việt Long các đoạn sạt lở có chiều dài từ 100 m đến 500 m, do cách xa cánh đồng của nhân dân nên thiệt hại về kinh tế không đáng kể.
Sông Kinh Thầy bị sạt lở tại 6 đoạn sông thuộc địa phận các xã đó là: Nam Hưng, Thanh Quang thuộc địa phận huyện Nam Sách; xã Phúc Thành B, xã Lê Ninh – huyện Kinh Môn. Các đoạn sạt lở xảy ra cục bộ hầu hết ở bên bờ phải sông, riêng ở đoạn sông thuộc địa phận xã Phúc Thành B và Lê Ninh – huyện Kinh Môn sạt lở xảy ra liên tiếp, kéo dài khoảng 600m bên bờ phải sông. Nguyên nhân chủ yếu do kết cấu bờ sông chủ yếu là cát pha sét gắn kết yếu dễ gây sạt lở.
Vấn đề cạn kiệt mất dòng
Các sông xảy ra cạn kiệt mất dòng trong phạm vi vùng dự án chủ yếu là các sông nhánh, thời điểm diễn ra cạn kiệt mất dòng tập trung vào mùa khô từ tháng 11, 12 đến tháng 4 năm sau. Trong các sông cạn kiệt mất dòng như: suối Vàng, suối Bưng, sông Bưởi, sông Ngang, sông Đáy, sông Cà Lồ và sông Nhuệ.
Mức độ ảnh hưởng bởi cạn kiệt mất dòng lớn là đoạn sông Đáy từ đầu nguồn đến huyện Quốc Oai. Đoạn sông này lấy nước từ cống Cẩm Đình, và đoạn sông cũng đang được nạo vét khơi thông dòng chảy song hiệu quả chưa cao. Vì vậy cần đánh giá chi tiết để tìm ra giải pháp khôi phục lại sự sống cho dòng chảy sông Đáy.
Vấn đề cạn kiệt mất dòng trên các dòng chính của các hệ thống sông là không có. Tất cả các vị trí xác định hiện tượng mất dòng đều năm trên các sông,suối nhánh. Nguyên nhân gây ra cạn kiệt, thậm chí mất dòng chảy đến từ nhiều nguyên nhân khác nhau: Khai thác nước, cải tạo lòng sông và ảnh hưởng của chế độ khí tượng, thủy văn và địa hình.
Sông Thứa (thuộc sông Ngụ): hai điểm điều tra nằm trên hai xã Tân Lãng và thị trấn Thứa huyện Lương Tài tỉnh Bắc Ninh, tháng kiệt nhất của sông vào tháng 4 trong năm. Chiều dài đoạn sông bị cạn kiệt, mất dòng trong vùng khoảng hơn 2km. Nguyên nhân cạn kiệt do khai thác nước cho sản xuất nông nghiệp.
Sông Ngụ (thuộc hệ thống sông Thái Bình): đoạn sông cạn kiệt, mất dòng ở hai xã Trạm Lộ và xã Đại Bái huyện Thuận Thành tỉnh Bắc Ninh, tháng kiệt nhất trong năm vào tháng 4. Tiến hành điều tra 4 vị trí trên sông Ngụ xác định được đoạn sông bị cạn kiệt mất dòng dài khoảng 3,5 km. Nguyên nhân cạn kiệt khai thác nước cho sản xuất nông nghiệp (Là trục tiêu chính của các trạm bơm Đại Đồng Thành và Nghĩa Đạo), do khai thác nước mặt sử dụng cho sinh hoạt.
Xâm nhập mặn các tầng chứa nước do khai thác sử dụng.
Vấn đề xâm nhập mặn chủ yếu xảy ra ở khu vực đồng bằng sông Hồng. Việc khai thác nước dưới đất tràn lan, phục vụ lợi ích trước mắt đang làm ảnh hưởng lớn đến việc quy hoạch khai thác sử dụng hợp lý và bền vững tài nguyên nước dưới đất. Xâm nhập mặn các tầng chứa nước diễn ra ở vùng ven biển.
Nước mặn tồn tại trong các tầng chứa nước có liên quan đến các quá trình tiến hóa trầm tích và các chu kỳ dao động của mực nước biển qua các thời kỳ cũng như mức độ quan hệ thủy lực của các tầng chứa nước với nước biển.
Các địa phương hiện nay đang chịu ảnh hưởng nhiễm mặn tầng chứa nước như: Nam Định, Thái Bình, Ninh Bình, Hà Nam, Hải Phòng, Hải Dương, Hưng Yên, Bắc Ninh và TP. Hà Nội. Diện tích phân bố nước mặn chiếm 3/5 tầng chứa nước Holocen và 2/5 tầng chứa nước Pleistocen trên toàn đồng bằng Bắc Bộ.
