Hiện nay, lưu vực sông Kôn – Hà Thanh đang phải đối mặt với nhiều thách thức nghiêm trọng, nhất là các tác động của biến đổi khí hậu (BĐKH) nước biển dâng (NBD), hạn hán, gia tăng xâm nhập mặn, xói lở bờ sông, bờ biển, sụt lún đất…, các tác động do khai thác và sử dụng tài nguyên nước. Vì vậy, xây dựng nhiệm vụ quy hoạch tổng hợp lưu vực sông Kôn Hà Thanh giai đoạn 2021-2030 tầm nhìn đến năm 2050 nhằm cụ thể hóa các nhiệm vụ, chính sách, giải pháp và huy động nguồn lực gắn với trách nhiệm của các bộ, cơ quan Trung ương, địa phương trong việc triển khai thực hiện quy hoạch, phù hợp với mục tiêu, nhiệm vụ, nội dung của Quy hoạch tài nguyên nước đã được phê duyệt hướng tới quản trị ngành nước trên nền tảng Công nghệ số; đảm bảo sự phối hợp giữa các bộ, ngành, địa phương thực hiện một cách đồng bộ, hiệu quả quy hoạch tài nguyên nước.
Những vấn đề lớn mà tài nguyên nước lưu vực sông Kôn – Hà Thanh đang phải đối mặt là:
Theo hội nghị về nước Vacxava 1963, trên lưu vực sông Kôn – Hà Thanh tỷ số giữa tổng lượng dòng chảy năm (W0) và nhu cầu nước sinh hoạt ứng với mức tiêu thụ 250m3 /người.năm là C=20 thuộc ngưỡng bảo đảm nguồn nước nhưng phải có sự phân phối hài hòa, hợp lý giữa các hộ dùng nước, các khu vực, các địa phương trên toàn lưu vực.
Trên lưu vực sông Kôn – Hà Thanh có khoảng 25 hồ chứa thủy lợi, thủy điện đã vận hành. Theo quy hoạch, trên dòng chính sông Kôn có đến 14 thủy điện với tổng công suất hơn 312MW, đến nay đã có 04 nhà máy thủy điện đi vào hoạt động phát điện và 2 nhà máy đang triển khai xây dựng chiếm dụng hơn 633ha rừng phòng hộ và hàng trăm ha rừng nguyên sinh khu vực giáp ranh với tỉnh Gia Lai ảnh hưởng rất lớn đến nguồn sinh thủy của lưu vực.
Tác động của biến đối khí hậu (BĐKH) khu vực Duyên hải Nam Trung bộ và Tây Nguyên trong 30 năm qua, đặc biệt 10 năm gần đây có xu thế ngày càng diễn biến phức tạp, cực đoan, khó lường, tần suất và cường độ ngày càng lớn gây nhiều tổn thất trên tất cả các mặt về kinh tế – xã hội và quốc phòng an ninh. Các biểu hiện rõ rệt nhất do tác động của BĐKH lên LVS Kôn – Hà Thanh là NBD (khoảng 12-15 cm trong 30 năm qua), xâm nhập mặn ngày càng nghiêm trọng (1998, 2009, 2016…), hạn hán và cạn kiệt dòng chảy (1998, 2010, 2016…), xói lở bờ sông, bờ biển, mưa lớn gây ngập úng.
Diễn biến thiên tai và tác động của BĐKH đã dẫn đến những vấn đề cấp thiết trong quản lý tài nguyên nước: Lũ lụt, hạn hán không chỉ khiến hàng trăm ngàn ha sản xuất nông nghiệp bị thiệt hại, nhiều diện tích nuôi trồng thủy sản bị ảnh hưởng, mà còn hàng triệu người thiếu nước sinh hoạt, nhiều sông, kênh cạn nước cản trở giao thông thủy, phần lớn đất đai bị chua mặn, môi trường nước ô nhiễm nặng nề…
Điển hình như trận lũ năm 2009, từ giữa tháng X đến cuối tháng XII/2009 ở Bình Định liên tiếp xảy ra nhiều đợt mưa lũ lớn, kết hợp triều cường, làm ngập lụt nghiêm trọng trên diện rộng, vùng đồng bằng ven biển thuộc các huyện Hoài Nhơn, Phù Cát, An Nhơn, Tuy Phước, TP. Qui Nhơn, có nơi nước ngập từ 1 đến hơn 3m trong nhiều ngày làm nhiều nhà cửa, các tuyến đường giao thông, hệ thống kênh mương, đê điều, ao đầm nuôi trồng thuỷ sản bị nhấn chìm trong nước và bị phá hoại nghiêm trọng. Hệ thống đê ngăn mặn Khu Đông dài hơn 47km thì có gần 30km bị ngập sâu từ 0,5 đến gần 1,5m. Hồ chứa nước Đồng Tranh huyện Hoài Nhơn bị lũ quét phá vỡ. Đỉnh lũ cao nhất trên sông Kôn tại Bình Tường là 24,91m vượt báo động cấp III là 0,41m, tại Thạnh Hoà 8,55 m trên báo động III là 1.05m làm 33 người chết, 76 người bị thương, 98 tàu thuyền bị nhấn chìm, 17.740 ha bị phá đổ, ngập úng… tổng thiệt hại lên đến 1.332 tỷ đồng.
Mùa khô, hạn hán diễn biến nghiêm trọng, khó lường theo hướng bất lợi. Điển hình năm 2019, hầu hết hồ chứa trên địa bàn tỉnh đều ở dưới mực nước chết, hai vùng trọng điểm lúa của tỉnh Bình Định thuộc lưu vực sông Kôn là An Nhơn – Tuy Phước và Tây Sơn – Vĩnh Thạnh thường xuyên xảy ra tình trạng thiếu nước tưới, các công trình thủy lợi cũng chỉ đảm bảo tưới cho khoảng 50% diện tích đất canh tác. Không chỉ thiếu nước tưới mà nhu cầu nước phục vụ sinh hoạt và sản xuất, nuôi trồng thủy sản trong mùa kiệt ở vùng hạ du cũng không được đáp ứng.
Thay đổi môi trường Đầm Thị Nại dẫn đến những ảnh hưởng về môi trường sinh thái thủy sinh và hoạt động nuôi trồng, đánh bắt thủy sản, ảnh hưởng nghiêm trọng đến sinh kế của người dân do bùng nổ về dân số, quá phát triển kinh tế – xã hội và các dự án đầu tư xây dựng đô thị, khai thác dịch vụ du lịch, khai thác cát sỏi trái phép không được đánh giá, kiểm soát chặt chẽ.
Trên sông Hà Thanh do không có hồ chứa lớn, nạn sa bồi, thủy phá vẫn diễn ra trầm trọng, cửa sông vẫn còn diễn biến không ổn định.
Việc phát triển đô thị phía hạ lưu LVS Kôn – Hà Thanh ảnh hưởng lớn đến vấn đề tiêu thoát lũ.
Thách thức lớn nhất vẫn là thách thức đối mặt với ước muốn vươn lên làm giàu. Giàu cũng bắt đầu từ nước, có nước sẽ có gạo, có cá tôm, có cà phê, hạt điều, có cảng, có đường, có đô thị, có khu công nghiệp, có hàng hóa xuất khẩu. Khó cũng vì nước, lụt lội, hạn hán, ô nhiễm. Phát huy cái lợi, hạn chế cái hại của nước thì nguồn tài nguyên nước cần thiết phải được quy hoạch tổng hợp trên toàn lưu vực sông, toàn vùng và toàn lãnh thổ.
Hiện nay, trên LVS Kôn – Hà Thanh hầu hết đã có quy hoạch của các ngành khai thác, sử dụng và liên quan đến nước như giao thông, xây dựng, thủy lợi, nông nghiệp, nuôi trồng thủy sản, cấp nước sinh hoạt đô thị và nông thôn… Tuy nhiên, các quy hoạch này chỉ tập trung đáp ứng nhu cầu quản lý, khai thác và sử dụng nước của từng ngành riêng lẻ mà chưa xem xét đánh giá toàn diện tiềm năng nguồn nước; nhu cầu, khả năng phân bổ và thứ tự ưu tiên trong sử dụng nước của các ngành khác nhau, ở từng thời điểm và tại mỗi khu vực và những vấn đề liên quan đến tác hại do nước gây ra.
Căn cứ vào thực trạng các vấn đề liên quan đến tài nguyên nước, khai thác, sử dụng nước, yêu cầu của công tác quản lý trong phát triển bền vững lưu vực sông, Đồ án: "Quy hoạch tổng hợp lưu vực sông Kôn – Hà Thanh thời kỳ 2021-2030, tầm nhìn đến năm 2050" là cần thiết và cấp bách.