Xác định và dự báo tài nguyên nước là một bài toán khó, mang tính chất liên hoàn và phức tạp thể hiện mối liên quan chặt chẽ giữa các yếu tố khí tượng, khí hậu, thủy văn và hệ thống nước dưới đất.
Các phương pháp sử dụng trong công tác dự báo tài nguyên nước ở Việt Nam nói chung và tại Trung tâm nói riêng còn lạc hậu, chưa có hệ thống. Các phương pháp truyền thống được sử dụng như: phương pháp nhận dạng, phương trình tương quan, phương pháp hồi quy nhiều biến với các yếu tố khí hậu, dòng chảy và ENSO …. chỉ dự báo được các đại lượng thủy văn (H,Q), chưa dự báo được tài nguyên nước và chưa xem xét về khả năng, mức độ đáp ứng của nguồn nước cho các ngành khai thác, sử dụng nước trên lưu vực sông. Trong khi đó, với trình độ khoa học công nghệ ngày càng phát triển ngày nay, các hệ thống công nghệ dự báo tiên tiến đã hoàn thiện khắc phục cho những tồn tại của mô hình cũ, bổ sung, thay thế cho các phương pháp dự báo thống kê truyền thống, cho phép thực hiện những bài toán dự báo cảnh báo phức tạp về TNN giảm bớt rất nhiều khối lượng tính toán.
Ở các quốc gia phát triển khoa học kỹ thuật như Mỹ, Pháp, Thụy Điển đã và đang sử dụng những hệ thống công nghệ hiện đại để có được những thông tin dự báo cảnh báo tài nguyên nước tại các lưu vực sông trên toàn quốc và được cập nhật thường xuyên, đưa lên các website nhằm phục vụ quản lý tổng hợp tài nguyên nước.
Ở Việt Nam, trong những năm gần đây đã chú trọng xây dựng hệ thống dự báo và cảnh báo khí tượng, thủy văn tại Trung tâm Khí tượng Thủy văn quốc gia. Để có được các thông tin về hạn hán, thiếu nước, xâm nhập mặn chính xác, kịp thời đến các nhà quản lý và đối tượng khai thác, sử dụng nước cần phải đầu tư hệ thống công nghệ dự báo tài nguyên nước tiên tiến, hiện đại.
Trong những năm vừa qua các vấn đề hạn hán, thiếu nước và xâm nhập mặn đã diễn ra phức tạp trên diện rộng và nghiêm trọng, việc dự báo thông thường không đáp ứng được với yêu cầu thực tiễn. Các khu vực kinh tế trọng điểm hoặc những vùng ven biển tiềm ẩn nhiều nguy cơ về suy giảm mực nước, xâm nhập mặn, khan hiếm nguồn nước cần được cảnh báo nguy cơ suy thoái nguồn và xâm nhập mặn trong kỳ khô hạn. Tuy nhiên công tác dự báo, cảnh báo tài nguyên nước ở khu vực này hiện mới được thực hiện bằng các công cụ lạc hậu (thống kê, xu hướng) chưa đáp ứng được nhu cầu đề ra.
Chính vì vậy, cần phải hoàn thiện và trang bị đầy đủ hệ thống, công nghệ dự báo tài nguyên nước để đáp ứng được các mục tiêu, nhiệm vụ của công tác cảnh báo, dự báo tài nguyên nước.