Quần đảo Cô Tô gồm 30 đảo, bao gồm các đảo lớn nhỏ khác nhau. Cô Tô có địa hình đồi núi. Đỉnh giáp Cáp Cháu trên đảo Thanh Lân cao 210 m, đỉnh đài khí tượng trên đảo Cô Tô lớn cao 160 m. Phần giữa các đảo đều cao, vây quanh là những đồi núi thấp và những cánh đồng hẹp, ven đảo là những bãi cát nhỏ và vịnh nhỏ. Đất đai chủ yếu là đất pheralit trên sa thạch. Đất rừng rộng 2.200 ha, đất có khả năng nông nghiệp (771 ha) chiếm 20% diện tích đất tự nhiên, trong đó một nửa số có khả năng cấy lúa, trồng màu, gần nửa có khả năng chăn thả gia súc và trồng cây ăn quả.
Cô Tô có những thuận lợi về tài nguyên nước mặt và nước ngầm, tuy nhiên chỉ xuất hiện ở những đảo có diện tích lớn, có rừng che phủ. Tại những đảo này, nguồn nước ngầm và nước dưới đất của Cô Tô khá phong phú, đáp ứng đủ cho nhu cầu sinh hoạt và sản xuất, dịch vụ của đảo.
Bên cạnh đó, sự quan tâm và tạo điều kiện của các cấp chính quyền và sự phấn khởi, nhiệt tình giúp đỡ của nhân dân vùng đảo cũng là một trong những điều thuận lợi khi làm dự án.
Tuy nhiên, bên cạnh những thuận lợi, công tác khảo sát và điều tra cũng gặp nhiều khó khăn khi đường xá giao thông không thuận lợi. Hiện tại các trang thiết bị chuyển ra đảo qua đường tàu thuyền, phụ thuộc rất lớn vào thời tiết. Những đảo nhỏ tình trạng khan hiếm nước ngọt thường xuyên xảy ra vào mùa khô, khi lượng mưa hạn chế. Cấu tạo địa chất địa hình của các đảo cũng gây khó khăn cho công tác khoan thăm dò khảo sát. Ở các đảo bé, lượng dân cư thưa thớt cũng là một trong những khó khăn thi thực hiện.
