Chính phủ đã ban hành Nghị định số 201/2013/NĐ-CP quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Tài nguyên nước.
Nghị định quy định việc lấy ý kiến đại diện cộng đồng dân cư trong khai thác, sử dụng tài nguyên nước, xả nước thải vào nguồn nước; điều tra cơ bản tài nguyên nước; cấp pháp về tài nguyên nước; tiếp cấp quyền khai thác tài nguyên nước và chuyển nhượng quyền khai thác tài nguyên nước; tổ chức lưu vực sông và điều phối giám sát hoạt động khai thác, sử dụng bảo vệ tài nguyên nước, phòng, chống và khắc phục hậu quả tác hại do nguồn nước gây ra trên lưu vực sông.
Các dự án có xây dựng công trình khai thác, sử dụng tài nguyên nước, xả nước thải vào nguồn nước phải lấy ý kiến bao gồm: công trình hồ, đập có tổng dung tích từ 500 triệu m3 trở lên; công trình khai thác, sử dụng nước mặt với lưu lượng từ 10 m3/giây trở lên; công trình chuyển nước giữa các nguồn nước; công trình hồ, đập làm gián đoạn dòng chảy tự nhiên của sông, suối trên một đoạn có chiều dài từ một km trở lên.
Những công trình xả nước thải vào nguồn nước có lưu lượng từ 10.000 m3/ngày đêm trở lên; công trình khai thác, sử dụng nước dưới đất có lưu lượng từ 12.000 m3/ngày đêm trở lên, đều nằm trong quy định trên. Các trường hợp quy định tại Khoản này nếu có yếu tố bí mật quốc gia, không phải thực hiện việc lấy ý kiến.
Nghị định cũng quy định việc thành lập Hội đồng quốc gia về tài nguyên nước để tư vấn cho Chính phủ trong những quyết định quan trọng và tài nguyên nước thuộc nhiệm vụ của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ; tổ chức lưu vực sông được tổ chức và hoạt động theo quy định của tổ chức phối hợp liên ngành, có trách nhiệm đề xuất, kiến nghị với cơ quan nhà nước có thẩm quyền việc điều hòa, phân phối nguồn nước, giám sát các hoạt động khai thác, sử dụng, bảo vệ tài nguyên nước, việc phòng, chống và khắc phục hậu quả do nước gây ra trên một số lưu vực sông liên tỉnh.
Thủ tướng Chính phủ quyết định việc thành lập các tổ chức lưu vực sông Hồng-Thái Bình, sông Cửu Long (Mekong), theo đề nghị của Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường…
Nghị định có hiệu lực thi hành kể từ ngày 1/2/2014.