1. Chủ trì xây dựng, trình Tổng Giám đốc chiến lược phát triển chuyên môn, kỹ thuật; quy hoạch mạng lưới quan trắc và quy hoạch điều tra cơ bản; các chương trình, đề án, dự án, kế hoạch dài hạn, 5 năm và hằng năm trong các lĩnh vực: quy hoạch, điều tra cơ bản, quan trắc, giám sát, dự báo, cảnh báo, đê điều và phòng, chống thiên tai; bảo vệ, cải tạo, phục hồi và phát triển nguồn nước, thủy lợi; tổ chức triển khai thực hiện sau khi được phê duyệt.
2. Chủ trì tham mưu tổ chức thực hiện các nhiệm vụ về quy hoạch, điều tra cơ bản, quan trắc, dự báo, cảnh báo, đê điều và phòng, chống thiên tai; bảo vệ, cải tạo, phục hồi và phát triển nguồn nước, thủy lợi theo phân công của Tổng Giám đốc.
3. Tổ chức kiểm tra định kỳ và đột xuất việc thực hiện các chương trình, đề án, dự án, nhiệm vụ về quy hoạch, điều tra cơ bản, quan trắc, dự báo, cảnh báo, đê điều và phòng, chống thiên tai; bảo vệ, cải tạo, phục hồi và phát triển nguồn nước, thủy lợi do các đơn vị trực thuộc Trung tâm thực hiện; tổng hợp, báo cáo và đề xuất Tổng Giám đốc xem xét điều chỉnh, bổ sung trong quá trình triển khai.
4. Tổ chức thẩm định về mặt kỹ thuật, công nghệ, quy chuẩn đối với hồ sơ, sản phẩm của các đề án, dự án về lập, điều chỉnh quy hoạch; điều tra cơ bản; quan trắc, dự báo, cảnh báo; đê điều và phòng, chống thiên tai; bảo vệ, cải tạo, phục hồi và phát triển nguồn nước, thủy lợi do các đơn vị trực thuộc Trung tâm thực hiện; tham gia thẩm định các đề án, dự án khác theo phân công của Tổng Giám đốc.
5. Thực hiện nhiệm vụ thường trực Hội đồng nghiệm thu sản phẩm các đề án, dự án thuộc lĩnh vực quy hoạch, điều tra cơ bản, quan trắc, dự báo, cảnh báo, đê điều và phòng, chống thiên tai; bảo vệ, cải tạo, phục hồi và phát triển nguồn nước, thủy lợi; cử thành viên tham gia Hội đồng nghiệm thu đề tài nghiên cứu khoa học để đánh giá tính chính xác, tin cậy về mặt chuyên môn và tham gia nghiệm thu các đề án, dự án khác theo phân công của Tổng Giám đốc.
6. Chủ trì xây dựng và tổng hợp báo cáo định kỳ, đột xuất về tình hình và kết quả thực hiện các nhiệm vụ quy hoạch, điều tra cơ bản, quan trắc, dự báo, cảnh báo, đê điều và phòng, chống thiên tai; bảo vệ, cải tạo, phục hồi và phát triển nguồn nước, thủy lợi trong phạm vi toàn Trung tâm.
7. Tổ chức hướng dẫn, tập huấn chuyên môn, nghiệp vụ về lập, điều chỉnh quy hoạch; điều tra cơ bản; quan trắc, dự báo, cảnh báo; đê điều và phòng, chống thiên tai; bảo vệ, cải tạo, phục hồi và phát triển nguồn nước, thủy lợi cho các đơn vị trực thuộc Trung tâm theo phân công.
8. Chủ trì tham gia ý kiến đối với các dự án điều tra, quy hoạch vùng, tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương; các quy hoạch chuyên ngành, kỹ thuật có liên quan đến khai thác, sử dụng tài nguyên nước, xả nước thải vào nguồn nước, công trình thủy lợi theo phân công của Tổng Giám đốc.
9. Chủ trì, tham gia xây dựng hệ thống quy chuẩn dữ liệu, tiêu chuẩn kỹ thuật phục vụ chuyển đổi số; xác định các yêu cầu nghiệp vụ đối với các phần mềm, hệ thống thông tin theo phân công của Tổng Giám đốc.
10. Tham gia xây dựng chiến lược tài nguyên nước, thủy lợi; tiêu chuẩn quốc gia, quy chuẩn kỹ thuật quốc gia, định mức kinh tế - kỹ thuật và hướng dẫn kỹ thuật liên quan đến các lĩnh vực thuộc chức năng của Trung tâm theo phân công của Tổng Giám đốc.
11. Thực hiện các nhiệm vụ khác do Tổng Giám đốc giao.