Ban Hợp tác và Phát triển dự án là tổ chức trực thuộc Trung tâm Quy hoạch và Điều tra tài nguyên nước quốc gia, có chức năng tham mưu, giúp Tổng Giám đốc trong công tác xúc tiến, phát triển quan hệ hợp tác trong nước và quốc tế; vận động, huy động nguồn lực, tài trợ; thúc đẩy thực hiện các hoạt động đổi mới sáng tạo và chuyển đổi số; phát triển các chương trình, dự án hợp tác, đề tài, nhiệm vụ, dự án khoa học và công nghệ trong lĩnh vực tài nguyên nước, thủy lợi, đê điều và phòng, chống thiên tai, phù hợp với chức năng, nhiệm vụ của Trung tâm theo quy định của pháp luật.

- Thường trực Ban Chỉ đạo Sáng kiến hợp tác về nước tại Việt Nam (VACI), Ban Chỉ đạo Chuyển đổi số, Hội đồng Khoa học và Công nghệ và Hội đồng sáng kiến của Trung tâm.
- Quản lý, tổng hợp việc công bố, phổ biến và trao đổi các tài liệu khoa học và công nghệ, kinh nghiệm, phát minh sáng chế về lĩnh vực tài nguyên nước, thủy lợi thuộc phạm vi quản lý của Trung tâm.
- Tham mưu tổ chức thực hiện kế hoạch chuyển đổi số và các hoạt động đổi mới sáng tạo; cải tiến quy trình kỹ thuật, ứng dụng công nghệ thông tin và các công nghệ số chiến lược; xây dựng nền tảng công nghệ số phục vụ điều hành, chuyên môn và nâng cao năng suất lao động của Trung tâm; là đầu mối điều phối chuyển đổi số của Trung tâm.
- Xây dựng kế hoạch và tổ chức triển khai áp dụng hệ thống quản lý chất lượng theo tiêu chuẩn ISO vào hoạt động của Trung tâm; hướng dẫn, kiểm tra định kỳ và đột xuất việc thực hiện của các đơn vị sau khi được công bố, ban hành.
- Thực hiện công tác thống kê, tổng hợp, báo cáo định kỳ và đột xuất về hoạt động hợp tác, phát triển dự án và các đề tài, nhiệm vụ, dự án khoa học và công nghệ có yếu tố hợp tác theo quy định.
- Thực hiện các nhiệm vụ khác do Tổng Giám đốc giao.