Trung tâm Quy hoạch và Điều tra tài nguyên nước quốc gia tiền thân là Trung tâm Quy hoạch và Điều tra tài nguyên nước được thành lập theo Nghị định số 25/2008/NĐ-CP ngày 04 tháng 03 năm 2008 của Chính phủ. Trung tâm chính thức đổi tên thành Trung tâm Quy hoạch và Điều tra tài nguyên nước quốc gia theo Nghị định số 21/2013/NĐ-CP ngày 04 tháng 3 năm 2013 của Chính phủ.
Trung tâm Quy hoạch và Điều tra tài nguyên nước quốc gia là tổ chức sự nghiệp công lập trực thuộc Bộ Tài nguyên và Môi trường, có chức năng quy hoạch, điều tra cơ bản, quan trắc, dự báo, cảnh báo và bảo vệ tài nguyên nước trong phạm vi cả nước; cung cấp các dịch vụ công về tài nguyên và môi trường theo quy định của pháp luật.
Trung tâm Quy hoạch và Điều tra tài nguyên nước quốc gia có tư cách pháp nhân, có con dấu, tài khoản riêng; trụ sở tại thành phố Hà Nội.